帝国大学の学生が夜明け前に突然異世界へ飛ばされる。召喚された場所は、人間と魔物が共存する国。

その国の王立学園では、魔物娘が生徒として授業を受けている。

学園の王子様は、魔物娘との共存を拒否する。

しかし、彼の存在が異世界のバランスを崩すことを知った魔物娘たちが彼を追う。

彼の部屋に現れる魔物娘たちは、それぞれ異なる能力を持ち、彼の行動を監視する。

王立学園の校長は、人間と魔物の共存を義務付ける「共生法」を制定した。

この法律は、異世界で生まれた人間にとっても適用される。

王子様は、この法律によって自分の居場所を失い始める。

魔物娘の一人が、王子様の過去を暴く。

彼が幼少期に家族を失ったこと、そして現在の態度の理由が明らかになる。

この情報が学園内に広がり、彼に対する態度が変わる。

王子様は、魔物娘たちと共に学園を出発する。彼らが向かう先は、異世界の中心地である「共鳴の塔」。

そこでは、人間と魔物の融合が進み、新しい文明が生まれようとしていた。

共鳴の塔に到着した彼らは、塔の中心で衝突する。魔物娘たちの力が爆発し、塔の構造が崩れる。

王子様は、自身の意志で塔を止め、共存の可能性を示す。

この出来事は、異世界の政治に大きな影響を与える。

学園に戻った王子様は、以前とは違う目で魔物娘を見ていた。

彼は、共存の実践者として、新たな課程を始める。